Auditorias denominadas parciais e setoriais são avaliados os aspectos de controles internos, os riscos das transações do setor, os registros contábeis, fiscais, legais, trabalhistas e previdenciários, os processos de informação gerencial, os indicadores de gestão e outros pontos.
Estas auditorias especiais decorrem muitas vezes de localizações de falhas nos sistemas de controles internos de determinada área e um exame de maior profundidade é requerido. Em outras circunstâncias é pela constatação de fraudes em determinada área de atividade, o que requer, também exames especiais, de maior extensão e profundidade.